工业废水“零排放”投资成本、运营成本较高，推广应用存在困难。资料显示，一些“零排放”技术的投资会占到工程环保总投资的一半左右，运行后每吨有机废水的处理成本超过5元，高盐废水的处理成本更是每吨超过38元。

工业废水“零排放”耗能大，性价比无法达到平衡。污水中物质浓度的升高，饱和蒸汽压逐渐降低，蒸发速度随之减慢，蒸汽驱动蒸发和结晶的技术虽然可以达到“零排放”的目的，但会消耗较多的电能、热能，“零排放”技术无法达到较高的产能平衡。

国内公司水平良莠不齐，市场混乱，国内优秀典型案例较少。“零排放”虽然有几十年的历史，但在国内应用推广时间较短，目前市场、技术尚不成熟，况且，此技术经济成本高，若无政策上的支持和监管反而会造成负面效果。